Opis fabuły:
Lew Alex jest rodowitym nowojorczykiem, królem miejskiej dżungli w zoo w Central Parku i jego główną atrakcją. Wraz z zebrą Martym, żyrafą Melmanen oraz hipopotamicą Glorią, całe życie spędzili w błogiej niewoli, zajadając się smakołykami. Jednak Marty daje się ponieść swej ciekawości i przy pomocy pingwinów ucieka z ogrodu zoologicznego, aby poznać nieznany dotąd świat wolności. W środku nocy Alex, Melman i Gloria zauważają brak przyjaciela i postanawiają wymknąć się z zoo i sprowadzić go z powrotem do domu, zanim ktokolwiek zauważy ich zniknięcie. Lew, żyrafa i hipopotamica spacerujący po ulicach Nowego Jorku i poruszający się metrem wywołują sensację. Udaje im się odnaleźć Marty'ego w stacji Grand Central, ale nie udaje im się złapać kolejki do zoo. Zostają schwytani i wysłani statkiem do Afryki. Na statku wraz z innymi znajdują się pingwiny, którym wcale nie uśmiecha się podróż do Afryki - one chciałyby trafić na Antarktydę. Wydostają się ze swojej skrzyni i przejmują dowództwo nad statkiem. W całym zamieszaniu skrzynie z innymi zwierzętami wypadają za burtę. Ingerencja pingwinów powoduje, że Alex, Marty, Melman i Gloria trafiają na Madagaskar. Teraz urodzeni nowojorczycy którzy nie wyobrażali sobie życia, muszą nauczyć się, jak przetrwać w prawdziwej dżungli. W wielkomiejskim zoo byli najlepszymi przyjaciółmi, teraz zaczynają się odzywać ich pierwotne instynkty.